Отдел "Сигурност на информацията, секретни патенти, защита на интелектуалната и индустриалната собственост" 

• отговаря за защита на класифицираната информация в Института по отбрана;
• определя наличието на класифицирана информация и нивото на класификация на сигурността на информацията, както и премахването на нивото на класификация, съдържаща се в заявки за издаване на секретни заявки и секретни патенти;
• следи за изпълнението на дейностите по чл. 24, ал.3 от Закона за патентите и регистрацията на полезните модели;
• подпомага министъра при защитата и използването на интелектуалната и индустриалната собственост на Министерството на отбраната.